一、WTO对企业制度的影响
首先，WTO的宗旨是在市场经济条件下，建立全球化的统一大市场，这就是要求个成员国实行市场经济制度。从当前来看，我国经济仍处于从计划经济到市场经济的转轨时期，各种经济制度或多或少还带有计划经济的烙印，与成绩的市场经济体制度尚有不少差距，因此，作为市场经济制度重要组成部分的企业制度，就必然要不断修改和完善。
其次，WTO调整的主要是贸易关系，贸易是市场经济的灵魂，而企业则是市场经济的细胞和微观基础，是市场交易的最重要的参与者，因此，WTO的贸易规则就必然要求各成员国企业的经营、管理活动符合其规则，与之相适应。
最后，根据WTO《与贸易有关的投资措施协议》及其他有关投资的协议的要求，各成员国的外资政策和外资企业制度应围绕促进国际贸易自由化的原则进行制订和修改。
二、我国当前企业制度现状及企业形态上的弊端
改革开放以来，我国先后制定了全民所有制(国有)企业法、集体企业法、私营企业法、外商投资企业法、公司法、合伙企业法、个人独资企业法，相应地也就产生了全民(国有)企业、集体企业(含乡镇企业)、私营企业、外商投资企业、公司企业、合伙企业、个人独资企业。从企业形态来看，全民、集体、私营、外商投资企业是以所有制为标准确立的，而公司、合伙、个人独资企业则是以企业组织形式为标准而确立的。这两种确立企业形态的不同标准直接反映了我国现阶段企业立法还存在两个不同的立法体系和两条立法主线，这种现象虽说是计划经济向市场经济过渡进期的必然，但随着改革的不断深化，这种双重企业立法体系的存在和以所有制为标准确立企业形态的方法逐渐显现诸多弊端;在立法上，上述企业立法中的两条主线并不是两回事条永不相交的并行线，而是呈交叉重合的态势，并由此造成了法律概念的混乱和法律调整的冲突，给现实经济生活造成了诸多不便，为法律实施平添了麻烦;在外资立法上，将外资管理法和外资企业组织法混同在一起，导致立法上的不规范，并使内外资企业“内外有别”;企业的运行上，前述各种形态的企业在市场上的地位不平等，企业在市场准入、融资、税收等等方面所享有的政策是不一样的，尤其是公有制企业和外资企业享有了比其他企业更为优惠的政策，这就导致了不正当竞争、市场垄断、资源配置不合理等现象的出现。这与WTO规定的国民待遇原则和市场准入的自由贸易规则是相违背的。
三、企业制度改革的基本思路
第一，应以企业组织形式这一单一标准建立企业法立法体系和划分企业法律形态。通览市场经济发达国家，以企业组织形式为标准划分企业法律形态是商品经济发展的自然产物，以这一标准立的“独资企业法——合伙企业法——公司企业法”的立法体系更是这些国家通行的企业法律制度体系，它的可行性，是经过这些国家市场经济的发展历史所证明了的。因此，我国在企业法律体系上必须尽快改变过去企业形态划分的双重标准确，通过深化国有企业改革，规范其他公有制企业的非国有化改造，清理相关立法，最终走上以企业组织形式这一单一标准划分形态和构建企业法律体系的正确轨道上来。
第二，所有企业均应按现代企业制度建立和规范。我国改革开放历史证明，我国企业的种种弊端归根到底都是企业制度上的问题，在于我们的企业没有建立“产权清晰、权责明确、具备完善的激励约束机制”的现代企业制度。因此，公有制企业今后的组织形式将依照《公司法》来确立——组建为国有控股的有限责任公司、股份有限公司或国有独资公司，简单地说就是“公司化改造”。而其他的企业如外商投资企业、合伙企业、个人独资企业的建立和完善则由投资者按选择的企业组织形式对应相应的法律法规进行组建和规范。
第三，建立企业管理人员的培训和委派制度。加入WTO后，随着企业逐步建立和完善现代企业制度。企业对董事、经理、监事等企业管理人才的需求将增大。尤其是企业产权多元化后，国有资产股权在新的企业中如何得到保障，不至流失，并实现盈利增值，国家委派到企业中的董事、经理、监事的素质将起决定性作用，因为国家今后将不能再以行政干预的手段去影响企业的生产经营活动，而只能通过委派的董事、经理、监事参与企业的生产经营。因此，从现在起，我们就应建立统一的国有资产经营管理人员的人才库。人员可以吸收原国有企业改制前具备一定企业管理经验和知识的经营管理人员，也可以吸收社会各界具有较高文化、有一定管理经验、政治可靠的人员，并对他们进行一定的培训、考核。一旦企业需要，国家有关管理部门即可从这个人才库中选派。同时国家也应建立对这些人员的激励和约束机制，以加强这些人员参与企业管理的积极性和自觉履行职责、维护国有股权的自律性，杜绝腐败。
第四，建立中小企业制度。改革开放二十年以来，我国的国民经济发展取得了巨大的成就，这其中大中型企业起了重要的作用，但我们更不应忽视了在企业总数中占绝对多数的中小企业所作出的重大贡献。早在上个世纪九十年代，我国经济界就已经有了“乡镇企业占据了国民经济的半壁江山”的说法，而乡镇企业又占了中小企业的大多数。1996年国家公布的有关经济数据显示：当年我国工业领域中小企业(含乡镇企业)的总数、工业增加值、利税总额分别占全部独立核算企业的98%、56%和38.9%，由此可见，中小企业已经成为我国国民经济的重要支柱，然而遗憾的是，讫今为止，我国在中小企业的立法上却显得严重地滞后，除1996年1月29日制订的《乡镇企业法》略带中小企业法成份外，别无其他立法。在对中小企业的定义、中小企业的管理和服务机构、中小企业金融支持制度、中小企业税收优惠制度、中小企业发展引导制度等法律制度的建立上还处于初始阶段甚至于是空白。这不能不使人对我国中小企业加入WTO后的发展前景担忧。从企业法理论上来分析，中小企业法律制度应是企业法律体系的重要组成部分，但中小企业法并非企业组织法，而是企业振兴法。主要以保护中小企业的生存，促进中小企业的发展为主要内容。综观市场经济发达国家，中小企业在保证这些国家的国民经济和社会发展，缓解就业压力，增强市场竞争力，技术创新上更是发挥着巨大的作用，与此相对就，这些国家无不建立了一整套完整的中小企业法律制度，法律制度是经济活动的有效保护。因此，入世后借鉴发达国家中小企业的发展经验，尽快制定《中小企业促进(或保护)法》，建立我国的中小企业制度也是迫在眉睫的任务。
第五，规范外资管理和外资企业组织管理。国家应制订外资行政管理，就外资的投入、使用、管理作出规定，而将外资企业组织、管理、活动，根据国民待遇原则纳入统一的《公司法》调整范畴。
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